Lysosomen enthalten eine Vielzahl verschiedener Hydrolasen, zum Beispiel: DNase, Proteasen, Lipasen usw. und sind somit für den zellulären Stoffabbau zuständig. Sie entstehen, wenn mit lysosomalen Enzymen gefüllte Vesikeln aus dem Golgi-Apparat mit Endosomen verschmelzen.

Die lysosomalen Enzyme arbeiten dabei optimal unter den sauren Bedingungen, wie sie im Lysosom vorliegen. Auf diese Weise kann sichergestellt werden, dass die Enzyme nur im Lysosom wirken und nicht im Zytoplasma Schaden anrichten, wenn das Lysosom zerstört werden sollte.